Director : Masahiko Murata

Cerita ini berlatar tahun 2027, satu tahun setelah berakhirnya perang non-nuklir keempat. New Port City masih bergulat dengan akibat perang ketika mengalami pengeboman yang disebabkan oleh ranjau bergerak sendiri. Kemudian, seorang anggota militer yang terlibat dalam suap perdagangan senjata ditembak mati. Selama penyelidikan, Daisuke Aramaki dari Bagian Keamanan Publik bertemu dengan Motoko Kusanagi, seorang siborg dan peretas tingkat penyihir yang ditugaskan ke Satuan Rahasia 501 militer. Batou, seorang pria dengan "mata yang tidak pernah tidur," mencurigai Kusanagi adalah dalang di balik pengeboman itu. Detektif Kepolisian Prefektur Niihama, Togusa, sedang mengejar kasus ganda pembunuhan penembakan dan kematian seorang pelacur. Motoko sendiri sedang diawasi oleh kepala Satuan Rahasia 501, Kurutsu, serta para agen siborg.